El principio de la jurisdicción universal se introdujo de manera general en la legislación española mediante la Ley Orgánica del Poder Judicial de 1985.
La jurisdicción universal de los tribunales españoles, en particular la Audiencia nacional, tribunal de primera instancia competente para juzgar a las personas acusadas de los delitos más graves, está prevista en el artículo 23-4 de la Ley Orgánica de 1985. Este artículo estipula que..:
«El tribunal penal español tendrá jurisdicción sobre los actos cometidos por españoles o extranjeros fuera del territorio nacional que puedan ser considerados, según la ley española, como uno de los siguientes delitos:
a) Genocidio
b) Terrorismo
c) La piratería y la apropiación ilícita de aeronaves
d) Falsificación de moneda extranjera
e) La prostitución y la «corrupción de menores y de personas incompetentes»
f) El tráfico ilícito de estupefacientes
g) Y todos los demás que, según los tratados y convenios internacionales, deban ser perseguidos en España. »
Sobre la base de esta disposición, se han iniciado varios casos desde 1998. En ese año, el juez Garzón, juez de instrucción de la Audiencia Nacional, dictó una orden de detención por crímenes cometidos durante la dictadura chilena contra el Sr. Pinochet, ex presidente de Chile, que viajaba a Londres. Aunque esta investigación no dio lugar a un juicio, allanó el camino para la lucha contra la impunidad ante los tribunales españoles.
Ya en 1999, el poder judicial español, incautado por denuncias, abrió dos investigaciones: una contra funcionarios guatemaltecos y otra contra funcionarios argentinos, por delitos cometidos por los regímenes dictatoriales que estuvieron en el poder en esos dos países en los decenios de 1970 y 1980.
El caso de los generales guatemaltecos estuvo marcado por dos etapas importantes. La Audiencia nacional, en 2000, y luego el Tribunal supremo, en 2003, rechazaron la jurisdicción universal de España, subrayando la Audiencia nacional el carácter subsidiario de esta jurisdicción y exigiendo el Tribunal supremo un interés nacional para aplicarla. En 2005, el Tribunal Constitucional español anuló estas decisiones y definió la jurisdicción universal como la obligación de España de juzgar a los responsables de los delitos más graves independientemente de la identidad de la víctima o del autor, exista o no un interés nacional por parte de España.
Actualmente hay otros casos pendientes ante los tribunales españoles, como el enjuiciamiento de miembros de la red de Al-Qaïda, la investigación de los abusos cometidos por soldados rwandeses antes, durante y después del genocidio de 1994 y la investigación de los dirigentes chinos acusados de genocidio en el Tíbet.
Hasta la fecha, sólo un caso basado en la jurisdicción universal, tal como se define en la legislación española, ha concluido con la condena del acusado (el caso del oficial argentino Scilingo).
Al igual que Bélgica, España ha «ampliado» la jurisdicción universal. Por una parte, no condiciona la aplicación de esta jurisdicción a la presencia del acusado en el territorio. Por otra parte, no limita su jurisdicción a la aplicación de las obligaciones derivadas de los tratados internacionales en los que es parte, sino que la amplía a la protección de otros intereses.
Desde la derogación de la ley belga de 2003, España es el único país que ejerce una jurisdicción universal tan amplia. Sin embargo, la legislación sobre la jurisdicción universal fue modificada el 3 de noviembre de 2009.
Por ello, las nuevas disposiciones prevén que la jurisdicción universal sólo se aplicará si los presuntos autores se encuentran en territorio español o si las víctimas son españolas y, en todo caso, cuando un tribunal internacional o el país en el que se produjeron los hechos no haya enjuiciado efectivamente a los autores.